Elke vier jaar organiseert FNV Havens haar eigen congres. Tijdens dit congres bepalen de leden van FNV Havens de koers voor de komende vier jaar. In een scholingstraject maken kaderleden van FNV Havens analyses specifiek per havensector én algemeen havenbreed. Op basis van deze analyses hebben de Havenklassers aanbevelingen geformuleerd waarover tijdens het Havencongres kan worden gestemd.